低溫噴霧干燥機在進行操作的過程中為了能夠有效的保證其管道和所有的成品接觸的部件的清洗，在進行使用時可以得到的產品，有規則的清洗設備是十分必要的。當產品品種更換時，或是噴霧干燥機設備已經停產24h以上而未清洗的，應作一次全面徹底的清洗。
低溫噴霧干燥機在使用時清洗方法在一定程度上是可以根據實際選擇干洗、濕洗或化學洗，在進行干洗的過程中，可以有效的用刷子、吸塵器進行清掃，濕洗：用60~80℃的熱水進行清洗。
低溫噴霧干燥機在采用化學清洗的過程中，在進行操作的過程中可以采用酸液、堿液以及各種洗滌劑清洗，在進行使用時其中酸洗，有機溶劑噴霧干燥機會有效的將其HNO3配成1~2%濃度的溶液，加熱溫度不超過65℃進行洗滌，然后用水清洗；堿洗：將NaOH配成0.5~1%濃度的溶液，加熱溫度不超過65℃進行洗滌，然后用清水清洗。
有機溶劑噴霧干燥機在一定程度上應該有效的按照其周圍的環境條件，其空氣的含塵量的高低而定，一般含量高的3~6星期清洗一次，含塵量低的6~8星期清洗一次。其中的不銹鋼細絲，用堿洗法洗滌后，仍應均勻地敷設到空氣過濾器的框架內，并噴以輕質錠子油或真空泵。
低溫噴霧干燥機的使用特點
1.低溫噴霧干燥機的干燥速度快且料液在一定程度上有效的經過其霧化后其表面打增加，在熱風氣流中，瞬間就可蒸發95%—98%的水份。完成干燥時間只需5-15秒，具有瞬時干燥特點.
2.特殊的分風裝置,降低了設備阻力,并有效提供了干燥器的處理風置.
3.生產過程簡化，適宜連續控制生產，含濕量40-90%的液體，一次干燥成粉，減少粉碎，篩選等工序提高產品純度.
4.低溫噴霧干燥機在運行時，其物料在短時間內完成干燥過程，在一定程度上能夠適應于熱敏性物料的干燥，能保持物料色、香、味.產品分散性、流動性、溶解性良好，產品粒徑、松散度，水份在一定范圍內可調。